PCR-ALERAは、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）で増幅したDNAに、クリック化学で接続された活性化ペプチドと結合させ、ステレプチビン被覆マイクロプレートに固定化し、リクアント酵素ペパインを再活性化して蛍光基質を切断させる手法である。ペプチドはセレンシステインを含み、ペパインのセレノレートによるジスルフィド切断で高効率に活性化し、蛍光シグナルを発生させる。

実験では、商用の修飾ヌクレオチドをPCRで組み込んだDNAにペプチドを結合させ、洗浄後にペパインを加えた。ペパインは迅速に活性化され、蛍光基質を高い触媒転換率で切断。シグナル強度は陽性対陰性で200倍以上の差が観測され、感度は非常に高いことが示された。

PCR-ALERAは従来のPCR‑ELISAと同等の高感度・高スループットを保ちながら、貴重で時間のかかる抗体を不要にする点が大きな利点である。総合的な試験時間はPCRと検出まで含めて約4時間である。

ただし、活性化ペプチドまたはDNA‑ペプチドハイブリッドがマイクロプレート表面に非特異的に結合するため、感度が低下するケースがある。したがって、結合除去や洗浄、または単一ステップの純化が感度向上に必要であると報告されている。